原单位不配合原单位注销第二张施工证的，可以自行办理。个人可以向省建设行政主管部门申请注销证书。
单位不配合注销第二张施工证怎么办
用人企业与注册建造师解除劳动关系的，应当及时申请注销登记或者变更登记。用人单位与注册建造师解除劳动合同关系后，用人单位未办理注销登记或者无故变更登记的，注册建造师可以向省建设行政主管部门申请注销登记证和执业印章。
注册建造师要求注销登记或者变更登记的，应当提供与原企业解除劳动关系的有效证明材料。建设主管部门与原用人企业核实，用人企业未在7日内提供书面异议及相关证明材料的，应当注销登记或者变更登记。
二级建造师证书注销流程
1二级建造师注册管理制度
2如果您是个人，需要先登录个人版系统的用户门户页面，填写注销申请表，然后保存。如果是企业提出注销登记，需要登录企业版用户入口页面，填写《注销登记申请表》，然后保存。
三。个人申请注销登记的，应当在填写、查询、确认个人提交的注销登记申请后通知企业登录，点击〖提交〗按钮。如果企业提出注销登记，需要亲自登录。确认后，企业将重新登录并上报。
4企业申报成功后，企业应当打印两份《注销登记申请表》，并由企业负责人签字，加盖企业公章。申请人应当在办理窗口当场签收，不得提前签收。（由公司编制）
5企业出具的《辞退证明》或《终止协议书》最好再准备两份。用于证明本人与企业解除劳动合同关系。需要注意的是，不允许拿过期的劳动合同。本证明一式两份，加盖企业合同专用章（建议多留两份加盖企业公章）。
6企业法人授权书二份，加盖企业公章。
7申请人需要填写一份“申请表”，申请表应简洁明了，不必太长。可以写清楚你想取消注册。你可以写几句关于工作过程的话，一式两份，并加盖企业公章。
8如果你的建造师证书已经在施工现场注册使用，你需要写一份“建造师证书使用说明”，你注册的工程已经完工，一式两份，并加盖企业公章。
9准备好个人身份证、执业资格证书、注册证书和执业印章。其中，登记证复印件两份，加盖企业公章和施工单位公章；（编制，需盖章）
10首先要到注册企业所在区县城乡建设委员会公共服务大厅的建筑企业资质窗口。书记员应当在《注销登记申请表》、《界城证明》和《申请表》各一份上签字盖章。有建造师证书使用说明的，还应保存一份副本。
11然后，个人携带剩余的《注销登记申请表》、《结城证》、《申请表》及身份证、执业资格证、注册证、执业印章到城乡建设委员会公共服务办公厅。
12一般情况下，受理15天后，您可以在网上查询取消。