上海海洋大学水产与生命学院
环境科学、生物技术、生物科学、生物科学（海洋生物）、水族科学与技术、水生动物医学、动物科学、水产养殖学、园林
上海海洋大学海洋科学学院
海洋渔业科学与技术、环境工程、海洋技术、海洋技术（海洋测绘）、海洋科学（海洋管理）、海洋科学（海洋生物资源）、海洋科学（环境海洋学）
上海海洋大学工程学院
机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、物流工程、工业工程
上海海洋大学食品学院
食品科学与工程、食品科学与工程（食品物流工程）、食品质量与安全、能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程、包装工程、生物技术（海洋生物制药）
上海海洋大学信息学院
信息与计算科学、计算机科学与技术、空间信息与数字技术、信息管理与信息系统
上海海洋大学经济管理学院
金融学、国际经济与贸易、物流管理、物流管理（食品物流管理）、市场营销、会计学、农林经济管理、工商管理（食品经济管理）
上海海洋大学人文学院
行政管理、行政管理（劳动与社会保障）、社会工作
上海海洋大学外国语学院
英语、日语、朝鲜语
上海海洋大学爱恩学院
信息管理与信息系统（环境信息系统）、市场营销（国际商务）
注：除以上学院外，还有上海海洋大学成人教育学院、上海海洋大学高等职业技术学院、上海海洋大学国际文化交流学院