黑龙江农业职业技术学院始建于1948年，其前身为闻名全国的黑龙江省佳木斯农业学校。2001年3月，经黑龙江省人民政府批准，晋升为黑龙江农业职业技术学院，步入全国普通高等院校行列。
建校六十余年，特别是晋升高职十年来，学院遵循 “以服务为宗旨，以就业为导向，走产学研结合之路”的办学思路，以培养适应生产、建设、管理、服务一线的高等技术应用性专门人才为根本任务，从更新教育教学理念入手，不断加大内涵建设，学院的办学规模、办学条件、办学质量都得到了很大的提高，学院的教学改革、专业建设、课程建设、师资建设、校企合作、对外交流、就业工作、科研工作、社会服务、后勤服务及行政管理等各项工作均取得了辉煌的成就。2006年在教育部高职高专院校人才培养工作水平评估中被评为优秀学校、2011年学院顺利通过了新一轮高等职业院校人才培养工作评估、2011年被黑龙江省教育厅确定为“黑龙江省骨干高等职业院校建设项目立项院校”！
学院下设农学院、建筑工程学院、动物科技学院、生物科技学院、机电工程学院、信息工程学院、经贸学院、外国语学院、马克思主义理论课教学部、军事体育教学部等十个教学单位。开设作物生产技术、绿色食品生产与经营、种子生产与经营、作物生产技术（农资营销方向）、植物保护、园艺技术、园林工程技术、园林技术（园林花卉方向）、畜牧兽医、畜牧兽医（饲料与动物营养方向）、动物医学、动物医学（宠物养护与疫病防治方向）、生物技术及应用（发酵与酶制剂方向）、生物技术及应用（植物组织培养、食用菌生物技术方向）、生物制药技术、食品加工技术、食品营养与检测（食品安全方向）、医药营销、机电一体化技术、机电一体化技术（模具设计与制造方向）、电气自动化技术、汽车检测与维修技术、汽车电子技术、汽车技术服务与营销、工程测量技术、计算机网络技术（北大青鸟网络工程师方向）、软件技术（北大青鸟软件工程师方向）、软件技术（华信—日立 对日软件工程师方向）、电脑艺术设计、影视动画、电子信息工程技术、电子商务、会计电算化、会计（注册会计师方向）、物流管理、旅游管理、酒店管理、金融保险、连锁经营管理、商务日语、商务英语、应用俄语、报关与国际货运等47个专业。拥有3个中央财政支持重点建设专业，1个农业部支持重点建设专业，3个省级财政支持重点建设专业，2个省级高职高专教育专业教学改革试点专业，11门省级精品课程。
学院现有教职工437人，其中专任教师268人，专任教师中教授32人，具有博士、硕士学位155人，国家级名师3人，省级名师3人，省级教学新秀1人，省级优秀教学团队3个。
学院在办学中始终坚持培养人才与社会需求相结合，围绕提高教学质量，进行教育教学的改革。积极推进“校企合作、工学交替”的“2+1”、“3+3”人才培养模式，与德国拜耳作物科学（中国）有限公司、山东京博农业科技有限责任公司、江苏雨润食品产业集团有限公司、深圳市博伦特光电科技有限公司等国内外多家企业建立了合作关系，“拜耳班”、“京博班”、“博伦特班”、“华信班”、“青鸟班”等订单培养班都已进入教学阶段。在设置与调整专业过程中，学院组织人员深入社会用人单位调查，与用人单位的有关领导和技术人员共同研究生产、建设、管理、服务第一线职业技术岗位高职人才需求现状，共同论证专业设置与调整，共同确定专业培养目标和培养规格，共同制定人才培养方案，使每年新增或调整的专业能较好地适应社会需求。在课程设置上，学院按照高职教育培养目标的要求，坚持以能力培养为核心的原则，制定各专业的教学计划。教学计划打破了传统的老三段教学模式，使学生尽可能多参与生产实践环节，同时压缩理论教学，加大实践教学比例。同时，设立了限选模块课程和任选模块课程，鼓励学生在学好本专业课程的同时，可根据自己的兴趣和择业竞争的需要来选学其他课程，注重学生的个性化发展。学院注重对学生实践技能的培养和考核，统一组织学生参加国家农业部、劳动及社会保障部及黑龙江省教育、劳动、财政、信息产业等行政部门各级各类专业技术技能考试、晋级考试并颁发国家承认和社会通用的职业技能证书、等级证书和岗位资格证书等。学院设有特有工种职业技能鉴定站，可鉴定62个初、中、高3个等级的职业工种。
学院非常注重培养学生的综合素质，积极为学生营造良好、和谐的发展环境，学院组织成立了各种学生文化、体育、科技社团组织，利用课余时间开展各种活动，在丰富学生的校园文化生活的同时锻炼了学生的能力、提高了学生的素质。
学院非常重视学生的就业工作。把“全程就业指导”作为工作目标，对一至三年级的学生和择业期内的毕业生实施全过程的就业指导。建立了院、系两级毕业生就业工作机构，形成了全院所有部门和全体教职工共同参与就业工作的格局。学院在每年新生入学时，与学生签订就业协义，在毕业时学院为其提供就业岗位，保证其顺利就业。学院还采取走出去，请进来的方式，积极开拓就业市场，建立稳定的校企合作基地，几年来，先后与北京、上海、大连、青岛、威海、烟台、天津、武汉、宁波、徐州、贵州、广州、深圳、哈尔滨等地300多家各类用人单位建立起了长期合作关系，并签订了“订单协议”2007年我院毕业生初次就业率位居全省高职院校之首。2009年在省高校就业工作评估中获得就业工作优秀院校，被黑龙江省教育厅授予全省普通高等学校毕业生就业工作先进集体称号。
学院不断拓宽办学渠道，加强对外交流与合作，多年来与日本国专修大学北海道短期大学、拓殖大学北海道短期大学、新泻综合学院，苫小牧驹泽大学、静冈繁荣学院、千叶科学大学、仓敷艺术科学大学、冈山理工大学、俄罗斯远东国立人文社会科学院、纳霍德卡商务技术学院等10所院校建立了合作关系，与俄罗斯哈巴罗夫斯克金鸟集团公司签署了学生顶岗实习、就业合作协议并派出了就业学生，开拓了毕业生国外就业的渠道。
学院坚持以为“三农”服务的办学方向，以农学、园艺两个骨干专业为核心，以三江平原为重点，以学院“种养加检测中心”为基地，构建了长期的产学研基地网络，形成了一个公司、两个基地、全程专家、长期农户的产业链服务模式，为当地农村经济建设做出了贡献。为了贯彻落实省委、省政府的有关精神，充分发挥农业院校的科技示范作用，学院与宝清县、林口县建立了院县科技合作共建关系，由我院派两名干部任挂职副县长，几年来，通过建立农业科技专家大院、建设农业科技示范园区、实施科技入户致富项目、开展农业先进适用技术培训等形式，使农民科技素质、农产品品质、农业生产标准化水平和农民收入都有了显著提高。