院校设置与特殊教育项目设置的区别包括使用对象不同、保障程度不同、设置基数不同、管理方式不同。教育事业单位是一种由财政全额支持的事业单位，但二者在许多方面存在差异。
1、 使用的对象不同。特殊教育机构只供中小学教师使用，确切地说，是义务教师使用。幼儿教师、高职高专、大中专学校，包括教育部门的中等院校，如电教所、考试中心、义务教育实验基地的中小学，均不得使用。
但是，一般编制属于一般编制，用于管理、技术或工作岗位。不同的是，资助方式是全额拨款、差额拨款或自筹。教育的专门设置与政法的专门设置类似，也是一种行政设置。其使用范围仅限于公安、法院、检察院、司法局等单位，享受相应的专项补贴。
幼儿园虽然不能作为基础教育的一部分，但由于其不属于义务教育的特殊教育体系。下一步，随着学前教育的回归，预计幼儿园教师将开始重新利用教育专项编制。
2、 安全程度不同。中小学教育专项经费的使用从经费和编制上属于地方重点保障群体，在政策上具有倾斜性。在经费方面，财政部门要单独建立专项管理档案，需要专项支出。编制方面，要加强统筹配置和跨区域调整，通过各项专项改革挖潜，释放编制资源，优先使用中小学教辅人员。未经特殊教育机构和教育部门批准，任何人不得非法占用和滥用。
3、 基数不同。事业单位实行编制编制定额管理。普通事业单位的编制基数有限。原则上只有企业不能进入。如需增加，应优先在董事会内部进行调整，不得擅自扩大和增加。特殊教育的建立是一种动态的管理模式。编制基数根据辖区学校教育资源和中小学师生比例计算。原则上以省为单位每2-3年调整一次，市县可根据生源变化随时调整浮动。
4、 管理是不同的。普通事业单位的编制，由编制部门统筹安排，根据本单位的职能、岗位要求和编制情况核定。规划形成后，报省级编制部门批准。未经省级编制部门批准，原则上不得调整编制。设立部门对普通企业的设立有绝对发言权。
特殊教育的设立实行双重管理。编制部门负责审批、编制和登记。具体需求由教育部门提出，根据辖区教育资源核实，报筹建部门审定。