院系设置
基础医学院简介
南方医科大学基础医学院的前身为原第一军医大学基础部，成立于1951年，2005年6月随学校移交广东省后更名为南方医科大学基础医学院。
学院下设4个系、8个教研室、1个研究所、1个实验教学管理中心。现有2个博士后科研流动站、2个一级学科博士点、8个二级学科博士点, 3个一级学科硕士点、11个二级学科硕士点；拥有2个省一级重点学科，1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科、2个“长江学者”特聘教授岗位学科，3个广东省重点学科，1个教育部重点实验室，7个广东省重点实验室，1个广东省创伤救治科研中心，1个广东省国际合作基地，1个广东省司法鉴定中心等一批处于国内先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院现有教职工230人，其中专任教师174人，其他人员56人。专任教师中，有正教授46人、副教授57人；博士生导师53人、硕士生导师33人；具有博士学位的教师占80%以上。有国家级教学团队一个，拥有中国科学院院士1名，中国工程院院士1名；国家级教学名师2人，全国模范教师和全国优秀教师3人，“长江计划特聘教授”3人，973项目首席科学家1人、国家杰出青年科学基金获得者3人、享受政府特殊津贴者17人。 先后有20余人次获中国青年科技奖、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、广东省科学技术突出贡献奖、广东省丁颖科技奖、南粤优秀教师等荣誉。2009年被评为全国教育系统先进集体。
中医药学院简介
学科布局上涵盖中医学、中药学和中西医结合三个一级学科，19个二级学科。拥有博士后流动站1个（中西医结合），一级学科博士学位授权学科2个（中西医结合和中药学），硕士学位授权点5个。有国家重点学科1个（中西医结合临床医学）、国家中医药管理局重点学科6个（中医肾病、中医脑病、中药制药学、中医痹病学、中药药理学、中西医结合基础），重点专科（病）4个（中西医结合慢性头痛、中西医结合心血管病、中医风湿病、针灸推拿），国家中药临床药理基地1个，国家中医药管理局科研三级实验室3个，广东省重点学科1个（中西医结合临床医学），广东省攀峰重点一级学科1个，广东省重点实验室1个，广东省中医药局重点专科2个（中西医结合脾胃病、中西医结合肝病），广州市中药品种开发中心1个。在教育部网站上公布的2007年中国大学研究院各二级学科A++级学校排行榜中，我校中西医结合临床医学排名第二（共67个）；在《中国大学评价》课题组公布的07中国大学研究生院医学各一级学科A++级学校排名中，我校中西医结合医学学科排名第四（共71个）。同时中西医结合被确定为我校四大重点建设的技术平台和四大特色学科群之一。2008年由该学科牵头组织的“疑难病证中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发”项目，成功进入广东省省“211工程”三期重点建设。
生物医学工程学院
南方医科大学生物医学工程学院的前身是成立于1986年的第一军医大学生物医学工程系，现为南方医科大学四个特色学科群之一。设博士后科研流动站1个，一级学科博士学位授权点1个，硕士学位授权点2个。拥有医学图像广东省重点实验室和数字化诊断治疗设备教育部工程研究中心。
学院开设有生物医学工程（含医学影像工程、医学信息工程、医学仪器检测、医学物理4个方向）、电子信息工程和计算机科学与技术共6个专业方向，现有在校生1350多名，其中生物医学工程专业是教育部高等学校第一类特色专业、广东省名牌专业，年招生人数全国排名第一。
学院近五年先后承担国家和省部级科研项目百余项，年均获得科研经费在2000万元以上，是国内生物医学工程学科领域享有最高知名度和影响力的学院之一。拥有一支以国家“973项目”首席科学家、国家级教学名师、总后勤部优秀教师、广东省优秀教师为 代表的精英师资队伍，具有高级职称的教师达40多人，其中有多位享受国务院特殊津贴的专家。
药学院简介
南方医科大学药学院是原第一军医大学移交广东省后，于 2005 年 6 月新成立的学院。从 2010 年 1 月起，学院实行学科组负责制（PI制），建有 3 个中心（药学教学中心、化学教学中心和实验中心），12 个学科组。
学院办学条件良好，基本设施齐全。学院办公和科研场所位于校本部药学院大楼，建筑面积为 8000 余平方米。学院的教学用药学实验室位于校本部实验教学大楼，实际使用面积 2000 余平方米。另外，教学用化学实验室位于顺德校区，面积达 2500 平方米。可用于教学与科研用的仪器设备总价值近 4000 万元。
我院为药学一级学科博士学位授权点及博士后科研流动站。药学一级学科为广东省优势重点学科，其中药理学科历史悠久，是国务院 1980 年首批批准的硕士学位授权点，1998 年成为广东省第二个药理学博士学位授权点，2007 年被评为“广东省重点学科”。学院建有广东省新药筛选重点实验室和广东省新药筛选国际联合实验室，为广东省国际科技合作基地。药学本科专业也为广东省特色名牌专业。
南方医科大学护理学院简介
护理学院前身是第一军医大学护理系，2004年8月随学校移交广东省，2005年6月更名为护理学院，具有59年发展历史。学院设4个教研室、2个中心，办学条件优良，师资力量雄厚。护理学专业本科（全日制）于2000 年批准设置，已有6届毕业生，目前在校全日制本科生722名。在开展护理学专业本科教育的同时，还开办了面向全省的大专、专升本护理教育，形成了集研究生教育、全日制本专科教育、成人教育于一体的多层次护理教育体系。目前我院已成为华南地区高级护理人才培养基地，生源遍及全国。
学院为博士、硕士、学士三级学位授权点，是华南地区首家护理学硕士学位授权单位。2005年护理学专业被评为广东省名牌专业，2009年被评为国家特色专业。学院现有专任教师29名，其中高级职称19名，博士生导师2名、硕士生导师5名，博士学位教师4名、硕士学位教师15名、在读研究生教师6名。享受政府特殊津贴教师1名，国家巾帼建功标兵1名，全军优秀教师2名，广东省南粤优秀教师1名，广东省“千百十工程”培养对象1名。65人次在各类学术机构任职，其中美国世健会特聘教师1名，美国静脉输液学会（INS）会员1名，教育部高等学校护理学专业教学指导委员会委员1名，国家级学术机构理事1名、副主任委员3名、委员4名，省级学术机构主任委员以上任职9名。17人次在各级学术期刊担任主编、编委等职务。
公共卫生与热带医学学院
南方医科大学公共卫生与热带医学学院的前身是第一军医大学热带军队卫生学系。学院设置流行病学系、生物统计学系、职业卫生与职业医学系、环境卫生学系、营养与食品卫生学系（儿少卫生学系）、毒理学系、放射医学系、卫生检验检疫学系（卫生检测中心）、病原生物学系、微生物学系、心理学系（心理咨询中心）、预防医学实验教学中心、P3实验室。
现有教职员工117人，其中教授32人，副教授39人，博士生导师19人，硕士生导师24人。有国家优青1人，教育部“新世纪人才”1名，珠江学者2名，国务院学位评议组成员1名，广东省“五一”劳动奖章获得者1人，全国骨干教师2名，军队指令性首席专家3名，“百千万”工程人才国家级人选1名，国家二级学会副理事长1名，省部级一级学会主任委员2名，副主任委员3名，省部级二级学会副主任委员以上6名。
生物技术学院
南方医科大学生物技术学院是第一军医大学转制后成立的第一批二级学院之一。
学院现有专业技术人员36人，其中正高14名，副高13名，中级8名，具有博士学位的30人，硕士5人。拥有广东省高等学校“千百十工程”第六批国家级培养对象1名，省级培养对象1名，教育部新世纪优秀人才计划1名，广东省丁颖科技奖1名，校级千百十工程培养对象3人。已初步建立了一支学科门类比较齐全的生物技术优秀师资队伍和勇于创新的技术研究团队。
学院下属生物技术系暨分子免疫研究所、生物制药系、输血医学系、抗体工程研究所、生物治疗研究所及教学科研实验中心6个科研教学机构，招收并培养生物技术、生物制药、输血医学三个专业方向的本科生，并在免疫学、病原生物学、肿瘤学、分子生物学等多个学科招收培养研究生。形成了以抗体工程、分子诊断、生物制药、生物治疗、血液安全等优势技术领域。拥有办公和科研实验室面积4300多平方米，其中达到万级和百级净化实验区300平方米。已经建立了分子生物学实验室、细胞生物学实验室、基因工程实验室、蛋白质工程实验室、抗体工程实验室、中试车间等科研实验设施。配备了一批从事生物技术应用基础和上、下游应用技术研究的实验设备，设备总值达1200多万元，并在已有广东省热带病重点实验室的基础上，2006年建成广东省高等学校科研型抗体工程重点实验室，2013年生物学广东省重点一级学科的骨干成员。
人文与管理学院
人文与管理学院前身为第一军医大学人文社科教研部。2004年8月，更名为南方医科大学人文社会科学学院。2009年改为现名称。
学院有法学系、经济学系、卫生事业管理学系、人文艺术系，有公共卫生政策与医院管理研究所、卫生法学研究中心、卫生经济研究中心、医疗仲裁研究中心、人类行为研究中心等学术平台。经世界医学法学协会主席、联合国教科文组织生命伦理委员会主持人主席卡米教授建议，与中国卫生法学会联合创建了我国第一所卫生法学国际研究院，开展深度卫生法学研究与教育。世界医学法学协会主席托马斯 ·努固齐教授担任该院名誉院长。学院已形成本科、硕士、博士完整的教育教学体系。现有法学、经济学、管理学6个本科专业或专业方向。有“公共卫生政策与管理”二级学科博士学位授权点，有“社会医学与卫生事业管理”硕士学位授权点。与马克思主义学院共建“中国化马克思主义”硕士学位授权点。学院致力于国际化办学，与葡萄牙里斯本大学高级工商管理学院合作培养医药卫生管理方向的博士。与美国佛罗里达国际大学商学院合作举办1+1医药卫生管理硕士项目。
外国语学院
南方医科大学外国语学院前身是第一军医大学基础部外语教研室，成立于2005年6月6日，现有人员44人，其中教师40人，行政及教辅人员4人
从事实践教学的老师40人，从学历分布看，博士学历人员 3人，硕士学历人员23人，本科学历人员14人；从职称分布看，教授3人，副教授5人，讲师14人。
教师中有1人担任国家级教学指导委员会委员，1人担任省级教学指导委员会委员。
近年先后有11人次在校内外各种教学和学术活动中获奖。
马克思主义学院
南方医科大学马克思主义学院前身为中国人民解放军第一军医大学政治理论教研室。第一军医大学诞生于1951年烽火连天的抗美援朝战争时期。2004年8月，按照国务院、中央军委的命令，学校整体移交广东省，更名为南方医科大学，原第一军医大学政教室遂更名为南方医科大学人文社会科学学院。2005年6月，成立了思想政治理论课教学部。2008年7月，独立设置了马克思主义学院。曾被评为全军教书育人先进单位，荣立集体三等功2次，多次被评为学校标兵单位和先进集体。
学院设有马克思主义原理、中国化马克思主义概论等6教研室和思想政治教育、医学/生命伦理等5个研究中心。学院拥有独立的信息资料室，有图书、期刊及影像资料5.2万余册。学院承担全校各层次各专业的思想政治理论课教学与课程建设、马克思主义理论学科建设与学术研究、思想政治理论课教师队伍建设和马克思主义理论专业硕士研究生培养等任务。
南方医院
南方医院系南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国百佳医院。医院创建于1941年，2004年8月随大学由军队移交广东省。
医院坐落在广东省广州市白云山东麓麒麟岗上，拥有广东省最大的花园式院区，曾被评为“全国部门造林绿化400佳单位”。现占地面积20.3万平方米，建筑面积45.8万平方米；展开床位2225张，医疗设备总值近10亿元；2010年门急诊量265万余人次，年收容量6.2万余人次。