院系设置
计算机学院
计算机学院在东莞理工学院1992成立时就开了电子技术与微机应用专科专业，计算机科学与技术（本科）专业的基础来自早期专科的相关专业。专科的计算机应用专业始于1993年7月直到今天。2000年9月从电子工程系分离正式成立了独立的计算机科学与技术系，这时的计算机及应用专业已经发展成为具有四个专业方向（软件工程、网络工程、工业设计和商业信息化）的人才培养体系专业。多年的专科教育在多个方面为本科教育积累了基础。到2002年时，累计培养计算机应用专业专科学生近2000人，这些毕业生遍及东莞各地，大部分已经成为不同岗位的技术骨干、领导干部，为东莞社会经济发展，特别是IT领域培养了大批人才，作出了巨大贡献。2001年开始和华南理工大学计算机系联合办学，办学专业为计算机科学与技术专业（函授本科），任课教师基本上为本系教师，先后培养了2届学生，毕业学生人数63人。
工程学院
东莞理工学院电子工程学院是2008年原电子工程系更名而来的。1992年国家教委正式批准东莞理工学院建校，电子工程系亦正式成立并招生。目前电子工程学院本科招生专业为：电子信息工程、电子信息工程（机器人方向）、通信工程、光信息科学与技术四个专业(方向)，其中电子信息工程专业为国家级特色专业建设点，电子信息工程（机器人方向）是国家卓越工程师计划试点专业(方向)。
化学与环境工程学院
化学与环境工程学院（英文缩写：CCEE）的前身是应用化学系，成立于1992年，是东莞理工学院最早成立的系之一。
学院现有教师27人，其中教授8人，副教授13人，讲师6人，具有博士学位17人、硕士学位8人。具有博士学位的教师比例达63%，形成了以教授为学科带头人，博士为骨干的学科梯队。专业教师中1人被评为全国优秀教师，1人被评为南粤优秀教师，广东省“千百十工程”省级学科带头人培养对象3人、校级6人，2人被评为东莞市优秀教师。
近五年来，学院承担了国家高技术研究发展（863）计划项目子项目、欧盟AsiaPro计划项目、国家自然科学基金重点项目子课题、国家自然科学基金项目等国家级项目以及多项省市科研项目，市级以上科研项目总经费2900多万元。获得市级以上科技成果奖10项。
近五年来，学院建成了基础实验室和专业实验室，实验教学设备先进、齐全，为提高学生的实践能力和培养创新精神创造了条件。学院坚持为地方社会经济建设服务的宗旨，将教学和科研与地方经济发展相结合，在绿色精细化工产品开发、节能技术、清洁生产工艺研究、城市污水和工业“三废”治理等领域已取得显著的成绩。学院在办好本科的基础上，与华南理工大学等高校联合培养硕士研究生。
机械工程学院
现有机械设计制造及其自动化、工业工程、工业设计、热能与动力工程四个本科专业，计算机辅助设计与制造一个专科专业。建设有国际技术合作中心-中瑞精密制造技术中心，建成2个校级示范实验实习中心、1个科研中心、5个学生创新设计与制造基地、3个职业技能认证培训与考试点和21个校外实习基地。
在校学生1200多名，毕业学生1600多名。其中包括杨振宁奖学金获得者，省级以上创新竞赛三等奖以上20多人次，9人考取硕士生。
工商管理学院
工商管理系前身为工商行政管理系，于1991年成立，是东莞理工学院最早成立的专门从事工商管理教育与研究的系，刚成立的两年只开设了中山大学，华南师范大学，暨南大学在本校代培的财务会计，中英文秘书及企业管理三个专业；1992年，设立了企业管理、财务会计、中英文秘书三个无学校依托的专业和一个由华南师范大学开办的经济管理与财会专业；1993年5月26日，工商行政管理系撤销，正式成立工商管理系；我系党支部也在此年成立。此后，我系也随着学院的发展而逐步扩大，开设了企业管理、财务会计、工商与行政管理、国际商务和经济法五个专业，招生人数也不断增加；到了2001年我系已经成为拥有财务会计、国际商务、企业管理、工商管理（市场营销）、工商管理（电子商务）和财务会计（会计电算化）七个专业的大系；2002年，我系设立了第一个本科专业人力资源管理专业，招生80人，专科也新增了工商管理（经济法）、人力资源管理、行政管理（社会行政管理）四个专业；2003年，我系本科专业继续扩招，并且新增了国际经济与贸易和工商管理两个专业，招生人数也增加到了272人；同年9月，本科教学点随新校区建成迁移至松山湖； 2004年，国际经济与贸易专业撤离我系成立了经贸系，同时会计学专业也成为本科专业；2005年9月，我系专科教学点移至松山湖，03级的人力资源管理、旅游管理、电子商务及财务会计等专科专业和本科专业同在一校区教学，至此，我系主要机构已移至松山湖，同时我系在继续招收会计学、工商管理和人力资源管理三个本科专业的前提下还招收了松山湖校区第一批专科的财务会计新生，进一步的扩大了我系的规模。2008年5月，我院通过教育部本科教育水平评估。6月，工商管理系升格为工商管理学院。
文学院
东莞理工学院文学院成立于1996年6月，前身为应用外语系，2003年，汉语言文学专业被批准为本科专业，2005年，增设广播电视新闻本科专业。目前，文学院已经发展成为以本科为主、专科为辅，拥有四个专业（汉语言文学、师范教育、中文秘书、广播电视新闻），在校生达800多人的学院，办学规模、办学层次与办学水准逐年提高。
政法学院
东莞理工学院政法学院2008年建院，前身为政法系。我学院现设法学、行政管理、社会工作3个本科专业，下设3个专业教研室、1个知识产权中心; 共有教职工45名，其中博导1名，教授4名,正高职称4人，有博士学历的15人，近三年在研国家课题有1个，在研省部级课题有2个。
我学院立足东莞，围绕社会和地方经济、文化建设，依托学院以及东莞社会经济资源和现代制造业名城的优势，积极创新教学模式以适应东莞地方经济社会和文化建设的需要，努力培养具有较强专业素质、较高政治觉悟的应用型高级人才。
师范学院
东莞理工学院师范学院是该校最具有历史的二级教学单位。它的前身为东莞师范学校，始建于1932年，曾为广东省重点师范学校和全国先进师范学校，于1989年经省政府和教育部批准开始招收专科生。
2004年3月，东莞市市政府根据教育部《关于师范院校布局结构调整的几点意见》（教师[1999]1号）和广东省关于“由三级师范向二级师范过渡”的精神，把东莞师范学校培养东莞市基础教育师资的功能全部移交东莞理工学院。2004年6月， 原东莞师范学校学生及部分教师并入东莞理工学院，成立“师范教学部”。
2005年7月，师范教学部从东莞师范学校旧址搬迁至东莞理工学院主校区——松山湖校区。
2006年10月，东莞理工学院师范教学部和东莞理工学院艺术系（成立于2000年5月）合并，成立东莞理工学院师范部（艺术系）。
2008年6月，师范部（艺术系）更名为师范学院。
建筑工程系
建筑工程系始于1992年，最初隶属于东莞理工学院机电（建筑）工程系，于2008年5月顺利通过教育部本科教学水平评估。2008年7月，东莞理工学院建筑工程系正式成立。目前，建筑工程系下设土木工程、工程管理和建筑学三个本科专业。
建筑工程系现有教授三名、副教授四名、博士十一名，具备土木工程（结构工程）、土木工程（路桥工程）、工程管理和建筑学各方面师资力量与实验设施。
我系土木工程实验中心成立于2004年6月。目前，本实验中心的总使用面积约997平方米，拥有500吨结构压力实验机等实验仪器设备，第一期总投入约170万元，主要以传统的实验设备为主。去年学校为该中心再次投入50万元进行仪器设备采购，主要以房屋工程结构无损检测为主。目前中心人员共15人，其中专职3人，兼职14人。其中正教授2名、副高级职称3人、中级职称9人、初级职称1人(拥有博士学位5人，一级注册结构工程师2名)。中心目前正在承担国家自然科学基金项目，归国留学人员科研启动基金项目和广东省交通厅科技项目各一项，东莞市科技计划项目两项。该中心拥有较强的土木工程方面的科研能力，同时也对结构鉴定、结构设计和检测等工程项目具备了较高的试验和设计实力。
外语系
东莞理工学院外语系成立于1992年，同年9月开始招收英语专业专科学生，先后开办英语教育专业、商务英语专业、酒店管理英语专业。2004年开始招收英语（商务方面）本科生。2011年9月，开始招收日语专业本科生。