院系设置
临床医学系
临床医学专业
临床医学是学校建立最早的专业，致力于培养具备基础医学、临床医学的基本理论和医疗、预防的基本技能，能在各级医疗卫生单位从事医疗卫生工作的医学高级应用型人才。现开设有三年制、五年制的专科教育及成人教育（本科），旨在培养学生具有良好的专业素质和医德医风，具有本专业所必须的基础医学、临床医学、预防医学、传统医学的基本理论知识，掌握多发病、常见病、急危重病的诊治。临床医学专业面向全国24个省市自治区招生，在校学生共1409人，其中2009级430人，2010级553人，2011级426人，现已培养毕业生12000余名，大多数已成为各级医疗卫生单位的管理和业务技术骨干。
临床医学系具有雄厚的师资力量和较先进、完备的教学仪器和设备。有基础医学、临床医学各科教研室共14个，专业教师90余名，副高以上职称30名，中级职称42名。获得省、州科技进步奖12项，主编或参编专著、教材17部，发表学术论文200余篇。有实习医院50余所（其中附属医院2所）。具有多媒体教室、语音室、计算机室、电子阅览室、CT、彩色超声、磁共振成像等先进的设备和仪器，供临床教学使用。
临床医学（全科方向）
为适应医学教育改革与发展，临床医学（全科方向）专业筹备组建于1999年，同年成立全科医学系，2000年正式面向贵州省招生；2002年面向西南、中南、华中、华南招生；2003年面向全国19个省市招生；2004面向全国23个省市招生；2007面向全国24个省市招生； 2009年面向全国24个省市招生三年制大专生226人，2010年面向全国24个省市招生三年制大专生672人，2011年到校学生551人，现有在校学生1449人，已毕业学生1399人。
系部下设的系学生会、团总支。管辖教研室为预防医学教研室，全系教职员工12人，教授2人（其中校级名师1名），副教授2人（其中校级骨干教师1名），讲师2人，实验师1人，助教3人，辅导员及助理20名，其中专职辅导员2名（均属省级优秀辅导员），兼职辅导员及助理18名。
管理专业一个：临床医学（全科医学方向）专业。
全科医学系每年承担临床医学、临床医学（全科医学方向）、护理学、助产、药学、医学检验技术、计算机信息管理等专业的预防医学、全科医学概论、医学统计学、营养与膳食、流行病学等课程的教学任务。
临床医学（全科医学方向）专业于2011年获《贵州省高等学校教学质量与教学改革工程项目》特色专业建设项目。系部教师主持承担省、州、校科研课题六项。
医学检验系
医学检验系成立于2001年，同年开始招收医学检验技术专业学生。现学生来自全国24个省（市、自治区），已毕业学生千余名，不少已成为基层医疗机构的技术骨干。
2012年5月，经省教育厅批准，教育部备案，增设卫生检验与检疫技术专业，将于2012年7月面向全国24个省（市、自治区）招生。
医学检验系共有专任教师23人，其中教授3人，副教授8人，讲师7人，助教5人，硕士5名，在读博士2名。高级职称人数占全体专业教师的47.8%。另外有高级实验师3人，实验师1人。已初步形成了一支具有高、中、初级职称，结构合理的师资队伍，能完成医学检验技术专业和卫生检验与检疫技术专业全部专业课理论和实验课教学工作。
药学系
黔南医专药学系是该校经过了充分的人才市场调查和分析，于2001年开办的经贵州省教育厅批准教育部备案的独具特色的普通专科系部，2001年秋季开始招生。药学系的成立填补了黔南布依族苗族自治州高等药学教育的空白，经过十年的发展，现已步入科学化、规范化轨道。药学系立足黔南，面向全省，辐射全国进行招生，逐步形成了厚基础、宽口径，以培养药品生产和医药市场营销人才为重点的人才培养模式。截止到2011年，专科毕业生总计1000余人，就业率每年均保持在90%以上。就业方向包括医院、药品生产企业、医药公司、药品监督管理机构等。
药学系在充分利用已有的教学资源的同时，密切联系科研、生产企业参与教学。基础课及公共课由基础部及社科部承担，专业课程教学主要本系药学教研室及行业专家承担。药学系现有专业课教师30人，其中高级职称6人，中级职称16人，教师中具有硕士以上学历的共8人。
药学专业学生主要学习药学各主要分支学科的基本理论和基本知识，经过三年的基础课、专业课及毕业实习的培养和锻炼，成为具有一定的药学专业知识，具有药物生产、制备、营销及药品质量检验能力的高级药学应用型专业人才。
药学系实验室经过9年的建设，已初具规模，拥有各种型号分光光度计、旋光仪、永停滴定仪、分析天平、压片设备、栓剂模型、显微镜、高效液相色谱仪等教学设备，基本满足教学需要。共有教学、科研用实验室9间，办公用房及各种仪器室、天平室、库房、标本室共计18间。常规实验设备齐全。具有较强的教学、科研能力。
药学专业现有的十个实习基地中，包括大中型药品生产企业、二级以上医院、药品经营企业等，能够满足本专业学生对药品生产、检验、营销和医院药学相关环节的实习要求。
随着经济的发展和我国医药事业的发展，药学专业高级技能人才的需求量正在与日俱增。药学系将在3～5年内，通过加强教学条件及基础设施建设、加快师资队伍建设、充实专业内涵等措施，进一步提升办学水平和专业实力，努力将我系办成省级品牌专业。
护理学系
黔南民族医专护理学系创建于1999年，是贵州省最早开办高等护理教育的院系之一，现有护理和助产两个专业方向。护理学系师资力量较强，教学设施和条件完善，实验室设备齐全。附属医院两家，黔南州人民医院和黔南州中医院，共有床位1300余张，承担临床见习实习教学任务。
该校面向全国24个省、自治区、直辖市招生。护理学系现有在校生3700余人，为社会培养护理人才4000余人。其毕业生就业去向主要为省内外各级医疗卫生服务机构，毕业生一次就业率在80%以上。毕业生就业单位省内有遵义医学院附属医院、贵阳医学院附属医院、省人民医院、各专州地区医院、各县市城镇医疗服务机构，省外就业单位主要有广州白云医院、深圳市人民医院及深圳市各区医院等医疗卫生服务机构。
护理学系建系以来坚持以素质教育为宗旨，以学生为本位，以能力为核心，坚持质量第一的教学理念，以质量求生存，以特色谋发展，以就业为导向，以市场需求为出发点，突出职业道德培养和职业技能培训，加强“三基”训练，强化技能操作训练考核，不断提高学生专业技能和实际动手能力；紧扣护士执业考试，加强学生基本理论知识教学，开设执业考试指导课程，提高学生护士执业考试应试能力。此外，积极开展各种职业技能培训鉴定工作，开展了养老护理员、育婴员、妇幼保健员、保健按摩师、医疗临床辅助服务员、医药商品购销员等多种职业技能培训鉴定工作，推进学生“多证制”的实施，护理系学生毕业时除毕业证书至少取得1-2个职业资格证书，帮助学生提高了职业技能，取得就业和上岗竞争的优势。
计算机机信息管理系
计算机机信息管理系成立于于2002年9月，开设计算机信息系管理（医学方向）专业、卫生信息管理专业，计算机信息系管理（医学方向）专业同年9月开始招生，卫生信息管理专业2013年9月开始招生，现招生范围遍及全国24个省区。现有教师11人，高级职称1人，中级职称8人（其中国家“211工程”院校计算机专业毕业研究生1人），初级职称2人；下设计算机教研室，现代教育技术中心，网络管理中心。承担全校各专业计算机应用基础课程的教学任务和计算机信息管理专业的学科学工作。
计算机信息管理系拥有六个独立的计算机配置良好的公共实验室；一个计算机硬件实验室，本系技术支撑学校微机图书管理系统，为学生提供了完善的学习和实际动手环境。
计算机信息管理专业学生在二甲以上医院信息科实习，为学生专业技能、管理技能的训练，提供了良好的实习条件。拥有满足学生实习的多个教学医院、疾病预防控制中心和卫生行政部门信息中心作为实习单位。
随着计算机网络技术的发展和医药卫生体制改革的深化，计算机在医疗卫生领域中得到了更为广泛的应用，使得卫生管理方式逐步走向卫生信息管理，管理手段也转向现代化技术管理。计算机信息管理专业是一个复合型技能人才培养的专业，主要涉及的学科领域有医学、计算机科学和管理学。计算机信息管理专业就是为适应21世纪医疗卫生管理工作的转变，培养系统掌握信息科学和计算机科学的理论知识和专业技能以及医疗卫生管理学的基本知识，能够从事医院信息管理，计算机信息系统的建设、维护和信息管理工作，熟悉计算机操作系统和数据库管理，具有计算机网络技术应用技能的高层次复合型人才，能利用管理科学的理论和信息系统的分析方法，从事医疗卫生管理领域中信息管理软件的建设、运行与维护；培养现代化卫生信息管理岗位更需要的人才。
基础部
基础部现有语数理、化学、体育、人体结构、英语、生理及病理等7个教研室，教职工60余人，其中党员22人，教授1人，副教授13人。基础部承担着学校临床医学及临床医学全科医学方向、护理学、药学、检验学和医学信息管理等专业以上学科课程的理论及实验教学。
基础部全体教师坚持以“校兴我兴，校衰我耻”的主人翁精神，以“一切为了学生，为了一切学生，为了学生的一切”的服务理念，坚持以“全员育人，全方位育人，全过程育人”的育人思想，紧紧抓住“教育改革塑精品，提高质量育英才；科学研究上台阶，开拓创新铸师魂”为主题。务实进取，改革创新，在不断提高教学质量和学科建设发展中日益发挥着重要的作用。人体结构实验室、人体机能实验室和化学实验室被评为省级合格实验室，病理学课程被评为省级精品建设课程。主编、副主编、参编教材、专著10余部，发表省级以上教学改革及自然科学研究论文100余篇，获州级以上教学、科研成果奖10余项。基础部将以昂扬的斗志，改革、务实和奋发有为的时代精神，为实现学校新的历史跨越作出更大的贡献。
另设有全科医学系、医学检验系、成人教育部等。