院系设置
机电工程学院 
机电工程学院自2004年起陆续开设机电一体化技术（含机械制造方向）、数控技术、模具设计与制造等专业，到2013年共毕业7届3500多名学生。被评为“全国机械行业校企合作与人才培养优秀职业院校”、 “全国机械工业高技能人才培养示范基地”，也是“南通市现代生产制造技术公共服务平台”。
机电工程学院现有专任教师35名，其中有博士2名，研究生学历11名，硕士13名，硕士研究生及以上学历学位的占专任教师比例为42.86%，另在读硕士7名；教授5名，其他副高职称8名，共占专任教师比例为37.14%，另讲师、工程师等中级职称11名；双师型教师21名。有6名青年骨干教师赴德国参加高等职业教育培训，获得德国工商协会颁发的IHK证书。
机电工程学院所设专业均紧贴社会人才需求，坚持双证式教育，确保每个学生毕业时除毕业证书外，还有多门技能证书，大大提高了毕业生就业竞争能力，学生就业前景广阔。毕业生在长三角地区较为抢手，近三年就业率均超过98%。多年来，与江苏沙钢集团有限公司、南通国盛集团机电有限公司、南通柴油机股份有限公司、南通淄柴船舶机械有限公司、南通艺普机械制造有限公司、南通东之杰电气有限公司、上海力玛赫机电制造有限公司、江苏爱康太阳能科技股份有限公司、南通永大化工机械有限公司等单位结成了良好的校企合作关系。
船舶与海洋工程系
船舶行业是国家和江苏省优势支柱产业之一，学院船舶工程系成立以来发展迅速，为南通的船舶行业培养了一批急需的合格人才。
专业设置：
船舶与海洋工程系设有船舶工程技术、船舶舾装、船舶电气工程技术、港口机械等热门专业。培养现代船舶工程制造、船舶舾装、船舶电气、港口设备及相关产业所需高素质人才。
工作领域面向：
学生毕业后主要面向大中型船舶制造、船舶舾装、船舶修理、钢结构等修造船企业、重工企业及船舶设计公司，从事船舶生产设计、建造、修理、检验工程领域；船舶管装、船舶铁装、船舶内装、船舶涂装等船舶舾装工程领域；船舶电气设备制造、安装、调试、维修、管理等工程领域；以及海洋工程、桥梁钢结构工程等领域的技术、管理、操作和检验工作。
汽车工程学院
南通理工学院是全国汽车骨干职业院校，汽车工程学院创建于2004年，有10年的办学历史，现有教师43人，高级职称占专任教师比例达40%，双师型教师比例超过75%，在校生1500（其中培训生600人）多人。开设有汽车检测与维修技术、汽车技术服务与营销、汽车整形技术、汽车电子技术和汽车制造与装配技术等五个专业。专业设置主要面向汽车后市场，覆盖了汽车后市场汽车销售、汽车维修、汽车维护接待、汽车性能检测、汽车保险和理赔、二手车交易等岗位。经过几年建设获得2011年省部级教学成果二等奖2项；2012年省部级教学成果一等奖2项、二等奖3项、三等奖2项；2013年市教学成果三等奖1项、2013年省教育厅教学成果二等奖1项。
以该院师资为支撑的汽车运用工程系技术服务中心是2013年中央支持职业教育汽车检测与维修实训基地、江苏省汽车运用技术实训基地，江苏省汽车维修行业上岗证培训及考证点，江苏省汽车维修高级技师培训及考证点，同时也是南通市汽车技术公共服务平台建设点。技术服务中心建有汽车维修服务中心、校企共建汽车自动变速器性能检测实验室、汽车职业技能培训鉴定中心、汽车教学服务中心，建筑面积15000平方米，设备总价值超过1000多万元。
该院在办学过程中，积极与知名企业深度合作，共同开办多个“订单班”和职工培训班。先后与上汽集团、上海大众、吉利集团合作开办了“汽车装调班”；与金龙客车公司合作开办了“汽车钣喷班”；为广州华胜汽车维修集团定向培养汽车维修接待人才；为太平洋汽车销售集团定向培养汽车营销人才。现有20多家知名企业成为了该系的校外实习基地。
软件工程系
软件工程系是我院培养高素质计算机应用与软件技术专门人才的系部。自2000年开始招收计算机应用技术专业学生，现已开设包括计算机应用技术、计算机网络技术、软件外包服务、物联网应用技术、广告设计与制作、影视动画在内的6个专业，多个专业方向。
系部现有教师三十多名，教师中双师素质比达75%，多名教师来自于企业，有多年的企业实践经验。软件工程系现有软件开发实验室、软件测试实验室、软件服务外包实验室、网络实验室、嵌入式系统实验室、计算机组装与维护实训室、数字艺术实训室、通信技术实验室等11个专业的实验实训室，配有完善的信息化教学平台和辅助教学软件，400余台高性能计算机及苹果一体机、交换机等硬件设备，为专业教学提供保障，两年内还将陆续建成物联网综合实验室、移动应用开发实验室和网络综合布线实验室。
新能源工程系
新能源工程系成立于2010年，目前设有风能与动力技术、光伏设备制造与应用、电子信息技术等专业。配有专任教师近三十人，双师型教师比例占70%以上，具有硕士以上学位的占52%，高级职称占42%。有风力发电机生产、风力发电机维保、光伏产品生产制造、电子产品制造等四类企业构成的校外实训、实习基地十多家。
学院建立的新能源应用技术实训基地，于2009年7月被江苏省教育厅遴选为省级实训基地；在此基础上，2009年11月，被列为南通市风力发电装备制造重点实验室，2010年7月，被列为江苏省“亦工亦学，产学合一”高等教育人才培养模式创新实验基地，2010年9月，被列为江苏省风力发电工程技术研究开发中心，2012年9月“新能源装备制造及其应用”专业群被作为江苏省“十二五”高等学校重点建设专业群。
建筑工程学院
建筑类专业自2004年开设以来，为建筑类企业处送了2135名专业人才，很多学生已迅速成为单位的技术负责人及技术骨干，还有部分学生自主创业开了公司。目前，全系开设有建筑工程技术、工程造价、工程监理、建筑设计技术、装潢艺术设计、环境艺术设计、道路桥梁工程和园林工程技术等8个专业，在校生为1852人。
全院现有47名教职工，形成了以教授、副教授和高级工程师为专业带头人、“双师型”教师为骨干的教学团队，硕士生教师约占全系教师40%，与南通四建集团公司，南通三建集团公司、南通二建集团公司、南通建工集团公司、通州建总集团公司、中南建设产业集团公司及南通建筑工程总承包公司等六大集团公司进行校企合作。学院聘请了10名兼职教授，定期或不定期为师生讲课，并在这些企业聘请兼职讲师和兼职助教为学生开展实训教学。同时，这些大型施工集团公司也是建筑类专业学生的校外实习基地。
经济管理学院
经济管理学院，成立于2003年9月，2014年9月更名为经济管理学院，现有全日制在校生1172人，毕业生近6000人。
该院设有物流教研室（包括物流管理、报关与国际货运等专业）、会计教研室（包括会计、会计与审计专业）、营销教研室（包括营销与策划、旅游管理、电子商务专业）、公共外语教研室和学生管理办公室。专任教师75名，其中教授7名，副教授10名，双师型教师比例超过70%。
该院建有经济贸易实训中心（其中包括会计电算化实训室、会计手工模拟实训室、电子商务实训室）和物流管理中心实验室（其中包括国际物流实验室、销售物流实验室、ERP实验室、仓储管理实验室、运输管理实验室、物流信息化实验室、物流文化实验室），设备价值达270多万元。
该院有校企共建实训中心——紫琅中国国旅商务中心，并与南通苏中医药物流有限公司合作实行订单式人才培养，与中国外运、南储仓储、南通林森、长城联合会计师事务所、绿洲国际、麦蒂酥等多家单位签订校企合作协议，通过“一人一企一题”为载体来提升专任教师的职业素养，为学生的实习和就业创造了有利条件。
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