院系设置
航海系
南通航运职业技术学院航海系，在五十多年的航海职业教育的办学历程中形成了“严谨、严格”的教风、“扎实、踏实”的学风、“深入、深究”的作风和“崇尚实践”的航海职业技术教育特色。校友遍布海内外，影响深远。
航海系设有航海教研室、航海仪器教研室、船艺教研室、水上训练中心。航海系设有国家骨干高职院校重点建设专业——航海技术专业，为国内外船东培养与国际接轨的航海专门人才。航海技术专业一直是学院的主干专业，2003年被江苏省教育厅评为江苏省高职示范专业，2010年被江苏省教育厅评为江苏省高职品牌专业。近年来，航海系内涵建设成果丰硕。2008年，航海技术教学团队被省教育厅授予江苏省高校优秀教学团队称号，2010年航海系党总支第二支部被江苏省交通运输厅评为“先进堡垒党支部”，2011年水上训练中心被江苏省交通运输厅授予“全省交通运输行业安康杯竞赛优秀班组”称号，2011年航海系被中国高等职业技术教育研究会评为“全国高职高专院校科研工作先进单位，2012年航海系党总支被江苏省交通运输厅表彰命名为“全省交通运输行业创先争优示范点”，2013年航海系被江苏省总工会授予“江苏省工人先锋号”称号。
轮机工程系
轮机工程系是我院重点系部之一。下设轮机管理、轮机工程、船舶电气工程技术和轮机实验等四个教研室。开设有轮机工程技术（轮机管理）、船舶电气工程技术、船机制造与维修、制冷与空调技术等四个专业。其中轮机管理专业是学校的主干专业之一，是江苏省高校特色专业、江苏省高校品牌专业建设点、江苏省高职示范专业，其办学水平在国内外航运界享有较高声誉。
轮机工程系拥有一支与办学规模、办学层次相适应，学历、职称和年龄结构合理、专兼职结合的师资队伍，拥有全国交通职业教育学术带头人3名，江苏省高校教学名师1名，江苏省交通系统教学名师4名，江苏省交通系统100人才1名，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人1名，南通市“226高层次人才培养工程”首批中青年创新创业领军人才1名，南通市专业技术拔尖人才2人，南通市新世纪科学技术带头人培养对象2人，国家吴福-振华优秀教师1名，全国交通系统先进工作者1人，南通市“168爱生教师”2名。
船舶与海洋工程系
船舶与海洋工程系是南通航运职业技术学院的重点系科之一。船舶与海洋工程系下设船舶工程、船舶检验、海洋工程和材料工程四个教研室。设有船舶工程技术、船舶舾装、船舶检验、钢结构建造技术、焊接技术及自动化、船舶涂装等专业，共有全日制在校生1600多人。
船舶与海洋工程系拥有船舶制造实训中心、数字化造船实训中心、船舶舾装实训中心、船舶焊缝无损检测实训中心和钢结构实训中心等校内实训实习基地；拥有南通市“船舶先进技术重点实验室”和“南通市船舶焊接技术培训基地”；设在我院的“江苏省船舶工程技术研究开发中心”主要依托船舶与海洋工程系。
船舶与海洋工程系与江苏扬子江造船有限公司、南通中远川崎船舶有限公司、江苏新世纪造船有限公司、江苏熔盛重工集团、扬州大洋造船有限公司等多家国内著名企业建立了产学研合作关系以及校外实训实习基地。
管理信息系
管理信息系由原交通运输管理系与信息技术系合并组建，下设有交通运输管理、港航物流管理、财务会计、计算机网络技术、计算机软件、计算机应用基础、实验实训等七个专业教研室，建有“中央财政支持的国家级职业教育实训基地”———数字化港航物流实训中心（含国际航运业务实训室、港口业务实训室、船代货代实训室、港航商务洽谈室），管理系统模拟实训中心、财会信息模拟实训中心、会计业务模拟实训中心、计算机多媒体实训室、网络综合布线实训室、硬件组装与维护实训室、网络管理实训室、网络安全实训室等8个实训中心和实训室。实验实训设备达1400多万。建有南通港口集团、中海集装箱公司、香港兰德国际海运有限公司等40多个校外实训基地，设立人社部所属的物流职业技能检定所以及商务部所属的中国国际货运代理培训基地。并与国际著名IT厂商“ATA”公司和国家职业技能鉴定机构建立了长期的合作关系。
我系目前开设有国际航运业务管理、集装箱运输管理、国际物流管理、国际商务、报关与国际货运、交通运营管理（综合运输）、会计学、会计电算化、计算机网络技术、计算机多媒体技术、软件技术（服务外包）、计算机系统维护、计算机网络（物联网方向）、酒店管理(邮轮酒店管理)13个专业。其中，国际航运业务管理专业（原水运管理专业）创办于1960年，是学院主干专业。国际航运业务管理专业被评为江苏省高等学校特色专业，国际航运业务管理专业群（含物流管理、国际商务、集装箱运输管理、报关与国际货运、交通营运管理（综合运输））被省教育厅确定为省级示范性高职院建设单位重点建设专业，软件应用技术专业分别与加拿大莫哈克学院和罗伊斯特学院合作办学。
交通工程系
南通航运职业技术学院交通工程系，依托学院航海、船舶等交通运输枢纽、工具紧密相关的港口、航道、运输服务等对接行业，经过三十多年的发展、整合，形成了行业特色明显、办学效益显著的三大类专业群：港机类专业、港口与航道工程类专业、汽车类专业。全系师生的努力践行了严谨、严格的教风；踏实、扎实的学风；深入、深究的作风，秉承“明志 持节 自强 诚信”系部精神，为社会培养了一大批优秀技术与管理人才，校友遍布省内外，赢得了广大企业、学生及家长的广泛赞誉。
交通工程系下设汽车、港机、港航、电控和汽港实训五个教研室。设有汽车检测与维修、汽车技术服务与营销、港口机械与自动控制、港口电气技术、港口与航道工程、工程监理、建筑工程技术、工程机械与维护等八个专业。其中，“港口机械与自动控制”（即原港机专业）专业为国家级骨干高职院重点建设专业、江苏省高等学校特色专业、江苏省示范高职院校重点建设专业，该专业从1978年开设以来为我省及周边省市港口运输业输送了大量优秀人才，不少毕业生在企业中担任重要职务，成为港口运输业的骨干和栋梁之才。港口与航道工程专业为国家财政资助的重点建设专业，该专业经省教育厅批准，从2012年开始与南通大学合作，进行“3+2”应用型本科人才的试点和培养工作。港口电气技术专业前身为船舶与港口电气专业，始设于1982年，2012年更名为港口电气技术，该专业为2012年江苏省教育厅批准的省级重点建设专业群专业之一。汽车专业开设于1996年，学院对该专业投入大，发展迅速，现已成为我院主干专业之一，2013年成功与南京林业大学完成专接本的对接，广大毕业生活跃在南通及周边的广大汽车销售与服务的4S店及知名企业，成为企业的销售经理和技术骨干。
机电系
进入上世纪八十年代以来，机电技术向数字化、智能化方向快速发展，新知识、新技术大量涌现，机电专业知识总量呈现爆炸式增长，而机电专业知识的半衰期又不断缩短，用人单位对机电类高级复合型人才的需求规格日益提高，传统高职人才培养模式很难适应机电行业的新形势。为此，机电系从2005年开始进行机电专业教学改革，提出了机电类专业3+2+1教学模式。机电类专业3+2+1教学模式系指3学期的基础理论模块课程教学，2学期专业实践模块教学，1学期毕业设计与实习模块教学，理论与实践教学时数的比例为1：1。
“机电类专业3+2+1教学模式实施办法”2007年由学院正式发文批复实施（见通航院教[2007]5号）。2008年后该教学模式将在机电系所有新入学班级中正式实施。
人文艺术系
人文艺术系主要由外语类和艺术类各专业及相关基础学科构成。为适应市场需求，本系开设了六个专业，其中外语类专业两个：商务英语（船务与航运业务）——江苏省高校品牌专业建设点、商务日语（经贸）；艺术类专业四个：视觉传达、环境艺术设计、船舱舱室设计方向、家用纺织品设计。人文艺术系下设公共英语、商务英语、商务日语、航海英语、艺术基础和艺术设计等教研室。
该系拥有一支强大的专兼职结合的师资队伍，学历、职称和年龄结构合理。有多名教师曾去过美国、加拿大、瑞士、科威特、法国、俄罗斯、澳大利亚等国家学习深造或工作，大多具有多年的教学/设计创作经验和较高的教学水平。本系有省级高校教学名师、交通部交通职业高校学科带头人、以及正在国内外名牌大学攻读博士的高资教师。在学科与专业建设方面，该系拥有国家级精品课程和省级高校优秀课程群，一批自编教材被确立为省级精品教材和国家十五、十一五规划教材。
人文艺术系拥有一批专业教学所需的现代化教学试验实训设备。建有外语类教学所需的商务英语、商务日语专业试验实训室、公共英语语音室多个以及艺术类教学所需专业设计室、装饰材料展示室、实训室等，系内设有艺术中心，下设设计公司、设计工作室、制作中心等经营实体及多处校外实训基地，为学生的学习、实训提供了良好的就业保障。
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