院系专业
根据2014年9月学校官网显示，学校本部设有中医临床学院、药学院、针灸推拿学院、中西医结合学院、临床医学院、护理学院、基础医学院、公共卫生学院、医学技术学院、信息工程学院、经贸与管理学院、人文与社会科学学院、继续教育学院、藏医学院、附属医院临床教学部、理科教学部、外语教学部、体育艺术课部等18个教学院（部），另有甘肃中医学院第一附属医院、甘肃中医学院附属医院2个附属医院，有20个本科专业。
专业设置
公共卫生学院 预防医学（五年制本科）
信息工程学院 医学信息工程（四年制本科）
人文与社会科学学院 应用心理学（医学心理学方向、四年制本科）
医学技术学院 医学影像学（五年制本科）、医学检验技术（四年制本科）
藏医学院 藏医学（五年制本科）、藏药学（四年制本科）
经贸与管理学院 公共事业管理（医药卫生方向、四年制本科）、国际经济与贸易（中医药方向、四年制本科）
护理学院 护理学（四年制本科）
药学院 中药学（四年制本科）、药物制剂（四年制本科）、中草药栽培与鉴定（四年制本科）、中药资源与开发（四年制本科）
针灸推拿学院 针灸推拿学（五年制本科）、康复治疗学（四年制本科）
中西医结合学院 中西医临床医学（五年制本科）
临床医学院 临床医学（五年制本科）
中医临床学院 中医学（五年制本科）、中医学（骨伤科学方向、五年制本科