院系设置
农学院
甘肃农业大学农学院始建于1958年，当时定名农学系，设有农学、植物保护、土壤与农业化学、园艺四个专业。1971-1980年，其它三个专业先后独立成系。2001年农学系更名为农学院，现设农学、农村区域发展、中草药栽培与鉴定、种子科学与工程4个本科专业。
农学院1986年开始招收硕士研究生，1993年获得二级学科博士学位授权点；2001年作物学获得一级学科博士学位授权点；2007年，经国家人事部博士后管委会批准设立作物学博士后科研流动站。作物学为甘肃省重点学科，目前在作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、药用植物资源与利用3个学科点同时招收博士、硕士研究生。
草业学院
甘肃农业大学草业学院1950年在西北率先开始了草原科学的教学与科研工作，1953年招收草原学研究生，1964年招收本科生，1972年成立了我国第一个草原系，1984年建立了我国第一个草原学博士学位授权点，1989、2002、2007年连续三次被教育部批准为草业科学国家重点学科。1992年建立了我国第一个草业学院，1999年教育部批准设置第二批“长江学者奖励计划”特聘教授岗位。2001年建立畜牧一级学科博士后流动站，2005年教育部批准建立了草业生态系统教育部重点实验室，2007年草业科学专业被教育部批准为第一批高等学校特色专业建设点。
动物医学院
动物医学院兽医学科是甘肃省重点学科。2002年获得兽医学一级学科博士、硕士学位授权，下设基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、动物医学工程4个二级学科博士及相应的硕士学位授权点。2003年经国家人事部博士后管委会批准设立兽医学博士后科研流动站。2000年和2007年分别获得兽医硕士和兽医博士专业学位授权。兽医学一级学科在2007年大学排名网公布的排名结果中名列全国同学科第7位，在2006年和2009年的教育部学位中心评估中分别名列全国同学科第9位和第10名。
动物科学技术学院
动物科学技术学院前身为畜牧系，1950年4月，由国立西北农业专科学校畜牧科和草原科并入国立兽医学院创建畜牧专业，随后成立畜牧系。经学校批准，先后更名为动物生产工程系（1993年9月）、动物科学技术系 (1999年7月 )，2001年3月学校院系调整时成立动物科学技术学院。
动物科学技术学院是我国高等农业院校中办学历史较长，并在国内外畜牧学界有着广泛影响的学院。学院秉承老一辈“勤奋严谨、求实创新”的优良传统，经过60多年的建设与发展，已成为我国畜牧高级专业人才培养和科学研究的重要基地。学院设有动物营养与饲料系、动物遗传育种与繁殖系、动物生产与管理系、水产养殖系和动物科学技术实验教学中心等教学机构，设甘肃省现代养猪工程技术研究中心、甘肃省草食动物生物技术重点实验室、甘肃省牛羊基因改良工程实验室、西北地区肉羊肉牛遗传改良国际科技合作基地和畜牧系统工程研究所等研究平台。
经济管理学院
甘肃农业大学经济管理学院起始于1953年创建的西北畜牧兽医学院畜牧系农业经济教研组，1984年开办农牧业经济管理专科，1988年成立农业经济系，2001年成立经济贸易学院，2004年更名为经济管理学院。经过半个世纪的渐进发展，形成一支学缘多样、梯队结构合理的师资队伍，为国家和社会培养本专科毕业生7054人，硕士研究生774人。通过全体师生在各自岗位的努力，为国家和社会发展做出自己的贡献。
学院现有教职工61人，其中专任教师53人；教师队伍中教授6人、副教授27人。甘肃省领军人才3人，其中：第一层次1人，第二层次2人。甘肃省“四个一批”理论骨干人才1人。
工学院
甘肃农业大学工学院于2003年由原机电工程系和水利水电工程系合并组建，是学校目前规模最大的学院。原机电工程系的前身是创建于1958年的农业机械系， 1992年改名为机电工程系；原水利水电工程系的前身是1974年筹备组建的“农村水利电力专业”，1999年更名为水利水电工程系。学院现有水利水电工程、农业机械化及其自动化、农业水利工程、农业电气化及其自动化、电气工程及其自动化、土木工程、机械设计制造及其自动化、交通运输8个本科专业。其中农业机械化及其自动化为国家级特色专业建设点，水利水电工程为第一批次录取专业。
生命科学技术学院
生命科学技术学院成立于2004年1月，系由原农学院、草业学院、动物医学院、动物科学技术学院、林学院等学院的部分学科/专业整合、发展而成。学院现设有4个专业方向，分别是生物技术（植物）、生物技术（动物）、生物技术（生物制品）、生物技术（生物质能），现有全日制在校本科生八百多人、研究生一百余人（含硕、博士）。目前，学院已经培养的本科及以上学历毕业生1800多人，广泛服务于政府部门、学校、企事业单位和科研机构，对促进我国生物技术产业的发展做出了应有的贡献。
园艺学院
甘肃农业大学于1960年开始园艺本科教育，1993年开始园艺学科硕士研究生培养，2004年开始博士研究生培养。1971年成立林果系，1979年建立园艺系，2003年与农学院合并，2014年1月从农学院分离并成立园艺学院。
学院拥有园艺学一级学科博士学位授予权，设有蔬菜学、果树学、设施园艺学3个二级学科博（硕）士学位授权点和农业推广园艺领域硕士学位授权点。下设蔬菜科学系、果树科学系、设施园艺系和观赏园艺系4个系。开设园艺、设施农业科学与工程2个本科专业。
学院现有教职工36人，其中教授10人，副教授（副研究员）11人，校外兼职博（硕）士生导师11人。有国家产业体系岗位专家1人、甘肃省高校跨世纪学科带头人1人、甘肃省领军人才3人、甘肃省“333科技人才工程”和“555创新人才工程”4人。“蔬菜学教学团队”入选甘肃省教学团队。
食品科学与工程学院
甘肃农业大学食品科学与工程学院是甘肃省成立最早、食品类学科专业最全的学院。1988年甘肃农业大学进行专业整合成立食品科学与工程系，1989年开始第一次招生，2004年院系合并后成立食品科学与工程学院。现有动物性食品营养与工程博士学位授权点，农产品加工与贮藏工程、营养与食品卫生学、食品科学、动物性食品营养与工程硕士学位授权点，食品加工与安全（农业推广）专业硕士学位授权点，食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程四个全日制本科专业，食品科学与工程自学考试本科专业。现有在校全日制本科生1187名、硕士生167名、博士生11名、农业推广硕士研究生56人。学院已形成了具有博士、硕士、本科多层次的高等教育体系。
资源与环境学院
资源与环境学院前身为农学系土壤与农业化学专业，创建于1959年，经历了土壤农化系（1980年），土壤与植物营养系（1987年），土壤与农业化学系（1991年），农业应用化学系（1993年），资源环境系（1998年）共5个时期，2004年1月更名为资源与环境学院。目前，学院已发展成为具有三级学位授权，教学与科研、全日制教育与继续教育有机结合，农、理、工、管综合发展的多学科学院。
学院现有在编教职工67人。其中教授7人，副教授12人，讲师2人，实验师1人；有博士学位获得者9人，硕士学位获得者30人。
学院设生态科学系，土地科学系、城乡规划系、地理信息系、环境科学与工程系5个系，干旱区生态与环境研究所、植物营养研究所、土地资源研究所、节水农业与土壤资源利用研究所、土壤与肥料研究所、土地经济与土地规划研究所 6个研究机构；有“生态学”博士学位授权点，“植物营养学”、“土壤学”、“生态学”和“土地资源管理”4个硕士学位授权点及“农业推广(农业资源利用领域)”专业硕士学位授权，其中，“生态学”为省级重点学科；设“农业资源与环境”、“土地资源管理”、“资源环境与城乡规划管理”、“地理信息系统”、“环境工程”5个本科专业与“土地资源管理”自学考试本科专业，其中，土地资源管理专业为国家级特色专业。
人文学院
甘肃农业大学人文学院成立于2001年，前身为1954年原西北畜牧兽医学院马列主义教研室。1993年，在马列主义教研室和思想政治教育教研室、大学语文教研组基础上成立社会科学部。2001年在社会科学部基础上成立人文学院。
学院现设公共管理系、法律系、中文系、艺术教学部；设有西部农村发展与社会保障研究中心等6个学术研究机构；设有文科实训中心1个，下设文科实验室、文科视训室、模拟法庭和文科资料室4个功能室；拥有公共管理一级学科硕士学位授权点和农业科技组织与服务农业推广硕士专业学位授权点各1个，开办秘书学、公共事业管理、法学、汉语言文学、劳动与社会保障5个本科专业。在校学术型硕士研究生45人，全日制农业推广硕士研究生47人，在职农业推广硕士研究生84人，在校全日制本科生1376人。学院现有教职工59人，其中正高级职称3人，副高级职称27人，中级职称20人。近年来学院科研成果丰硕，承担和完成科研项目30余项，在研国家社科基金和教育部规划项目20余项，荣获甘肃省优秀教学成果奖一等奖1项，甘肃省敦煌文艺奖二等奖2项，黄河文艺奖1项，甘肃省哲学社会科学成果奖一等奖1项、二等奖1项、三等奖11项，其它奖9项。学院教师主编出版国家级、省级教材16部，出版专著18部，发表学术论文200余篇。
理学院
甘肃农业大学理学院原名基础部，组建于1978年。经过两次院系调整，原基础部外语、体育、植物、动物、气象、动物生物化学等教研组室调整至其它院系，基础部于2001年更名为基础科学系，2004年又更名为理学院。2009年学院获得“全省民族团结进步模范集体”荣誉称号。2010年学院化学实验中心被省教科文卫工会委员会授予全省“劳动先锋号”荣誉称号，2012年9月理学院被省教科文卫工会委员会授予“甘肃省师德建设先进集体”荣誉称号。
外语学院
学院历史 外语学院前身为外语教学部、外语系，成立于1999年，（2004年更名为外语学院）。学院下设大学英语教学部、英语系、语言培训中心。学院现设有三个专业方向，现有普通全日制本科生433名，有30余名学生留学海外。
办学条件 学院拥有专业期刊阅览室一个，藏书1186余册，专业期刊23种（含外文期刊3种），声像资料106套，图书资料总价值9万余元。学院建有7个数字化多功能语言实验室（共536座），能满足英语专业教学需求；建有一个外语教学广播电台，每周向全校学生定时播放英语教学配套内容，同时用于英语听力考试。在农大附中和甘肃实验中专建有校外实习基地。