卫生局是地方各级医院的主管部门。主要负责干部医保局的管理，与有关部门共同管理医保局，负责受理行政复议和应诉行政诉讼，承担地方政府交办的其他工作。
卫生局的主要职能如下：
贯彻党和国家有关卫生工作的方针、政策、法律、法规、规章，结合本地区实际，研究起草地方卫生工作法律、法规和政策，研究制定有关计划、工作方案，地方卫生事业发展改革的政策和指导意见，并组织实施。
负责制定传染病和慢性非传染性疾病防治规划。依法监测传染病疫情，建立预警机制，预防和控制疫情的爆发和蔓延，组织开展全民健康教育和宣传教育。
根据当地国民经济和社会发展总体规划，制定地方卫生事业发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
负责传染病防治、公共卫生、饮用水卫生、学校卫生、职业卫生等有关公共卫生的监督管理。研究和监测与人体健康密切相关的各种主要危险因素和致病因素。
负责各级各类医疗卫生机构的设立、医疗服务项目的设立、医疗新技术的应用、大型医疗设备配置的许可、监督和执法工作，医疗卫生从业人员与妇幼保健专业技术。依法动员和组织公民无偿献血，监督管理采供血机构和临床用血安全。
负责当地突发公共卫生事件和突发公共卫生事件的应急管理；建立当地院前应急体系和医疗救治体系，组织开展应急医疗救援工作。
负责制定或批准（审核、批准）各级医疗卫生机构医疗、护理、医疗技术及相关服务的质量标准、技术规范和职业道德，并实施监督管理。